قرن ششم میلادی ( بودیسم ) وارد ژاپن شد و منجر به درگیری بین کسانیکه میخواستند بودیسم را بصورت یک مذهب رسمی درآورند و کسانیکه از  شینوائیسم «مکتب طبیعت پرستی» را بعنوان مذهب ملی  طرفداری میکردند شد . در آن زمان مذهب ملی ژاپن شینوائیسم بود.

مبدا نینجاها (Ninja)دو سرزمین کوگا و ایگا بود و معروفترین خاندان نینجاها ، هاتوری ، فوجی بایاشی و موموچی بودند.

 یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد که بین مرتجعین بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی ها شد .
البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تکمیل فنون رزمی و جنگی خود که بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می کردند بپردازند . 

 در سال 1192 با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریکهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها ) در می آمدند . در بین سالهای 1192 و 1333 بعد از میلاد تعداد مکتبهای نینجا به 25 مکتب باتکنیکهای خاص خود رسید . در اکثر این سالها دو ایالت (( کوگا و ایگا )) در ژاپن توسط نینجاها اداره میشد .  

 یکی از برجسته ترین خصوصیات نینجوتسو آن است که جسم را پایگاه اندیشه فکر می دانند و هدف از آموزش تن همانا پرورش روح و روان است . یک نینجا بیشتر از دیگر رزمیکاران نیاز به سرعت ، قدرت ، تعادل ، تمرکز و انعطاف پذیری دارد .

 این عقیده که نینجوتسو همراه با آئین بودا به ژاپن وارد شده قویتر و محکمتر است ، سالهای گذشته در چین و ژاپن به مهارتهای یک نینجا اهمیت های فراوانی داده میشد . آنها یک نینجا را انسان فوق العاده می دانستند و به شدت از آنها میترسیدند ، گفته میشود سرچشمه نینجوتسو قبل از ورود به کشور ژاپن به نام (( فاشو یعنی هنر سیاه چینی )) لقب داشته است که در فرهنگ ژاپن «بوشیدوهاگاکور» نام دارد و به جنگجویی گفته می شود که ار استتار و تاریکی برای از بین بردن حریف استفاده می کند .  نینجوتسو بعد از اینکه به کشور ژاپن وارد شد توسط ژاپنی ها اصلاح و به تدریج توسعه و ترویج یافت و به هنرهای رزمی زیبا و سریع ، مخوف و پیچیده مبدل شد .

 درکشور چین معمولا" نینجوتسو ( یین ، سین ، شو ) یا تکنیکهای ناپدید شدن جسم نامیده میشد.

 اولین سند نوشته شده ای که در آن نینجوتسو نامبرده شده است کتابی سیزده جلدی مربوط به استراتژی نظامی ( علوم لشکر کشی ) با نام "" هنر رزم "" که توسط ( سان تزو ) نوشته شده است استفــاده از نینجــوتسو به عنــوان یک تاکتیک نظـامی در آخرین جلد این کتاب و در بخشی بنام "" یوما(yuma) "" شرح داده شده است .

نینجوتسو" در لغت بمعنای هنر پنهانی یا هنر نامرئی شدن و شیوه‌ای برای دفاع از خویشتن و نیز رسیدن به مهارتهای ویژه رزمی است.

درجات هنر رزمی نین جوتسو(Ninjutsu):